紫花苜蓿播種后，種子開始發芽生長，進入苗期。紫花苜蓿在苗期生長緩慢，抵制力差，易受到雜草、病蟲、惡劣自然環境的影響，發育不良或死亡。
低溫
春季播種較早的紫花苜蓿在苗期易受到晚霜和倒春寒的危害，長時間低溫順突然變溫均能使幼苗死亡。遇到這種情況時，可采取灌水、焚煙、覆蓋等方式阻止。
地表板結
種子發芽還未出苗之前，遇到降水或其它情況，使土壤表層形成板結層，影響出苗，甚至造成嚴重缺苗，這對于用子葉出土的紫花苜蓿非常晦氣。出現板結時，要盡快破板，可使用短齒耙或用具有短齒的圓形鎮壓器，也可以采取輕度澆灌的方式。
雜草
紫花苜蓿的幼苗生長緩慢，容易受到雜草的危害，嚴重時會導致栽植失敗，不能忽視。防除雜草的方式有人工除草、機械除草和化學除草法，要根據現真相形使用。
越冬
秋播的紫花苜蓿幼苗由于生長期短，株體弱小，營養物質積累少，越冬時容易出現大批死苗現象。除了不要過晚栽植外，可采取培土、覆蓋等方式，幫助幼苗越冬。
其它情況
除上述幾種情況外，大雨、強風、烈日、病蟲等情況均會危害幼苗生長，可根據現真相形，采取相應措施，保護紫花苜蓿平安渡過幼苗期。