杞、迎春等植物枝條雖多，但纖細不粗壯，也沒有顯著的主干，而其根部卻虬曲多姿、古雅奇異。此外，一些黃荊、水楊梅等雜木類樹樁的根部古樸奇異，樹干卻直而無姿。在用這些植物制作盆景時，可以用“以根代干”的方式，將其根部從土中提出更換樹干。
以根代干式盆景與露根式盆景的區別是：露根式盆景在保留原有樹干的基礎上提根，使其懸根露爪，根的形態不做改變，只作為觀賞體的一部門；而以根代干式盆景的樹干則完全被樹根更換，根的觀賞形態已不復存在，而是以干的形式出現。
以根代干式盆景所用的樁材應選擇那些根部具有樹干形態的樹樁，對枝的要求不太嚴格。栽種時間可根據樹種的不同而定，一般多在冬春季節，猶以春季萌芽前成活率較高。栽種前要對樁材舉行修剪整形，剪去不需要的枝條，對過長的枝條適當截短，但對較粗的枝條應予以保留，以備以后造型的需要，并對樹根舉行修剪，然后栽入瓦盆養坯。由于枸杞的樹根上粗下細，提根后違反樹木下粗上細的自然紀律，可將其倒栽，也很容易成活，但長勢較弱。樹樁栽種宜深，較好能將根部所有埋入土中，如果花盆深度不夠，可用油氈卷成筒套入花盆，然后填土，以增添盆土高度。栽種時土要壓實，澆透水。天氣嚴寒時應罩上透明的塑料袋舉行防寒保溫，新栽的植株放在避風向陽處養護，保持盆土濕潤而不積水，活穩后去掉塑料袋。植株生長興旺時施些腐熟的稀薄液肥，對枝條可任其生長，以通過葉片的光互助用，制造更多的養分，使樹樁生長興旺，根系發達。等冬季落葉后，將迎春、黃荊等樹樁多余的枝條剪除，過長的枝條短截。而枸杞則要等春天即將萌芽時再修剪，否則會造成退枝(即所修剪的枝條枯死)。養護中應逐漸去掉部門盆土，為以后的提根做準備。
以根代干式盆景的提根應逐步分次舉行，不能操之過急，以免細根裸露過多，造成植株死亡，其造型可根據樹根的詳細形態，制成各種不同形式的盆景。制作好的盆景移入細盆的頭一年應用不太肥沃的土壤栽種，以使其適應新的環境，保證成活。品級二年春季翻盆時再用較肥沃的土壤栽種。以后即可按樹種的不同習性舉行正常管理。